1211-ben Castrum Almage, Almagia néven írják az oklevelek, de 1521-ben már Halmegenként jegyzik.

Az 1211-ben kelt oklevél jól mutatja a benne szereplő halmágyi vár jelentőségét, ugyanis II. András megtartotta saját birtokán, és nem adta oda a letelepített szászoknak. A vár feltételezhető helye a mai templomkert helyén lehetett.

A falu délnyugati, legmagasabb pontján találjuk templomot, amelyet a cisztercita építőműhelyben tanult mesterek építettek, de fellelhető a lombardiai mesterek keze munkája is. A templom falán az építési időpont 1160-1190, ezt az állítást egy a XVIII. században előkerült feliratos alapkő igazolta. A háromhajós bazilikán az eredeti építés után döntő mértékű átalakítás nem történt, így több évszázad óta szinte eredeti arcát mutatja. Az evangélikus templom neve a reformáció előtt Szent Kereszt volt és védőszentje Szent Miklós, akinek áldást osztó domborművét a boltozat zárókövén láthatjuk.

Az 1488-as török támadás elnépteleníti a falut, és magyarok költöznek ide, így lehet, hogy a halmágyi nyelvjárásnak a keleti székely és a Vas megyei nyelvjárással is vannak közös elemei.

Erzsébet királyné halála után országszerte ültettek feketefenyőket a királyné tiszteletére, ezen fákat Erzsébet királyné emlékfáinak nevezték, a halmágyi Erzsébet-kertben szobra is állt, melyet 1906-ban lepleztek le. Sajnos később leverték, és a II. világháború után Varga Katalin, a falu szülöttjének szobrát állították az egykori szobor helyére, mely ma a templomkertben található.

1912-ben 32-en születtek a faluban, ekkor született Dr. Grépály András orvos professzor is, aki szülőfaluját sosem felejtette el. A halmágyiakat mindig kedves földijeiként kezelte, intézte sorsukat, nyári szabadságait is rendszeresen Halmágyon töltötte. 2003 óta szülőházán egy márványtábla jelzi azt a szeretet, amit egymás iránt éreztek a falu és szülöttje.